Parmi les ennemis communs des cultures, on trouve différents champignons présents dans le sol ou s'attaquant aux organes aériens des végétaux.

De nombreuses espèces vivent dans le sol, la plupart sont uniquement saprophytes mais beaucoup peuvent se développer ou s'installer au dépens de la plante et sont à l'origine des graves affections.

Champignons responsables des fontes de semis et de maladies du collet : Il s'agit d'espèces appartenant aux genres Pythium, Phytophtora, Botrytis, Sclerotinia, Fusarium, Rhizoctonia, Phoma. Ils sont très polyphages et s'attaquent à un très grand nombre de cultures, Ils se développent dans le sol et passent d'une plante à l'autre, provoquant dans les cultures des destructions sous forme de foyers. On les trouve également dans les couches superficielles ou peu profondes du sol.

Champignons destructeurs d'organes souterrains : Il s'agit d'espèces appartenant au genre Phytophtora, Rhizoctonia, Sclerotinia, Armilliaria qui s'attaquent à la vigne, arbres, et arbustes d'ornements. Ils se manifestent généralement par des pourritures ou des nécroses sur les racines, bulbes, tubercules (pomme de terre).

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